药械部于2014年重新组建并更名，于2003年成立临床药学室并开展血药浓度监测，是云南省第三家开展此项目的医院，药械部是集药品采购供应、药品调剂、临床合理用药指导、教学、科研为一体的综合科室。现由调剂科、采购供应科、临床药学科、制剂室四个部门组成。调剂科包含本部门诊药房、本部中心药房、本院静脉药物配置中心（PIVAS）、审方中心、北城中心药房、北城PIVAS、东城药房、口腔医院药房共8个部门。药械部的发展已经由被动药品供应保障工作向主动提高优质药学服务方向转变，积极支持医院临床科室的药品保障供应、合理用药，扩大了科室的专业度和知名度，提升了自身素质。

目前共有126人，其中研究生学历16人，本科学历89人。正高专业技术人员2人，副高专业技术人员20人，中职专业技术人员38人，初级专业技术人员49人。

药房共有5台智能化设备，其中包括4台智能化包药机、1台整盒发药机，承担了全院药品的储存、养护、配送等工作。

2006年成立曲靖市首家静脉药物配置中心，2015年成功申报国家级临床药师规培基地，2017年成为曲靖市药事管理与临床药学质控中心挂靠科室，2018年11月筹建审方中心，2019年4月在云南省率先上线处方前置审核系统，2020年成立GCP药房。

制剂室专业从事医疗机构制剂的研究、开发与配制。制剂室现有制剂品种76个，可配制28种剂型。是市政府批准设立的曲靖市天然药物研发中心，是云南省民族民间医药学会民族药制剂专委会的主委单位。现有院外调剂使用单位11家，调剂至院外品种共22个。

科室先后申报省级科研项目1项，市级、院部级及昆明医科大学科研项目5项，曲靖市科技进步奖二等奖，发表北大核心期刊1篇，科技核心期刊10余篇，中文期刊数篇。科室曾获国家级品管圈优秀奖、省级三等奖，并在其他全国性药学比赛中多次问鼎，在云南省药师技能大赛中荣获一、二等奖，在院内舞蹈、合唱、演讲等比赛中均摘得桂冠。